En la prehistoria, durante el pleistoceno existían caballos autóctonos en casi toda América, el territorio que corresponde a la región pampeana fue particularmente rico en estos "paleocaballos" (principalmente hipiddiones). Pero la llegada del ser humano hace más de 11.000 años parece haber sido un factor decisivo (junto a epizootias) para la absoluta extinción de los equinos autóctonos de América; por este motivo a la llegada de los europeos (fines del siglo XV e inicios del siglo XVI) no existía ninguna memoria ni conocimiento de esos primeros caballos de los cuales solo quedan fósiles.
El caballo criollo es descendiente del caballo ibérico traído por los conquistadores españoles a América. Un compuesto genético de caballos derivado del caballo berberisco del norte de África, del caballo del Valle del Guadalquivir en Andalucía y otros que se agrupaban en el género de caballos de trabajo llamados "jacas" o "rocines". Ya en América, algunos de ellos escaparon de las haciendas y misiones religiosas o fueron robados por los nativos. En el campo formaron grandes manadas y una vez expuestos a un entorno salvaje, la selección natural y la endogamia, les fijaron características genéticas propias. Cabe indicar que estas líneas genéticas están total o virtualmente extinguidas en la España y Portugal actuales.
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